¿Qué es un array-CGH?

El array CGH es una potente técnica de estudio del genoma completo.

En un solo ensayo detectamos todas las ganancias y pérdidas de material genético asociadas a cada uno de los síndromes de microdeleción y microduplicación descritos, y a la vez nos permite identificar nuevos síndromes con una resolución diez veces superior al cariotipo convencional. No necesita cultivo celular, se realiza a partir de ADN, acortando plazos de entrega de resultado.

Nuestra plataforma está especialmente orientada a la detección de alteraciones genómicas con repercusión clínica, facilitando la interpretación médica de los resultados.

Disponemos de arrays de oligonucleótidos con diferentes niveles de resolución dependiendo de la indicación clínica:

• ARRAY-CGH POSTNATAL
• ARRAY-CGH PRENATAL ESPECIFICO

ARRAY POSTNATAL

Permiten detectar alteraciones en el número de copias para la mayoría de las regiones, descritas y no descritas, indicados especialmente en el área de Pediatría, Neuropediatría y Ginecología, obteniendo de esta forma más información genómica en una sola prueba. Esta técnica está ayudando a la identificación de nuevos síndromes.

La elección de la plataforma más adecuada se debe realizar de un modo individualizado, en función del objetivo del estudio indicado en cada paciente con más o menos sondas en las zonas cromosómicas de mayor interés. Así pues la resolución del análisis es, por tanto, de aproximadamente, 200 kb para la mayoría de las regiones.

Algunas de estas nuevas variaciones (CNV´s) detectadas tienen un carácter clínico variable:

- CNV Causal. Se le atribuye una relación de causalidad a una CNV cuando: (i) existe asociación científica documentada entre un fenotipo claro e identificado y una CNV que segrega con la familia y/o (ii) el tamaño de la alteración es tan grande que es improbable que no tenga fenotipo.

- CNV benigna. Se le atribuye un carácter benigno a una CNV cuando: (i) está descrita de forma no ambigua y con el mismo tamaño en las bases de datos de polimorfismos y/o (ii) el progenitor fenotípicamente normal es portador de la misma CNV. En ambas situaciones es necesario definir muy bien los límites y comprobar su coincidencia, ya que las diferencias entre los puntos de rotura de las CNV entre el/la probando y los progenitores podrían ser responsables de la ausencia o presencia de fenotipo.

- CNV de significado incierto: CNV que no aparece identificada en los progenitores en el momento del análisis, no está descrita como polimorfismo genético y no está descrita su asociación con el fenotipo específico observado en el paciente.

Limitaciones del estudio.

Con el array-CGH postnatal no es posible detectar reordenamientos cromosómicos equilibrados, poliplodías completas, ni la presencia de mosaicismos por debajo de, aproximadamente, un 30% de la población celular.

Limitaciones del estudio. Con el array-CGH postnatal no es posible detectar reordenamientos cromosómicos equilibrados, poliplodías completas, ni la presencia de mosaicismos por debajo de, aproximadamente, un 30% de la población celular.

La plataforma del genoma completo permite detectar:

• Aneuploídias.
• Más de 200 síndromes (ver listado adjunto)
• Genes asociados con el retraso mental, el autismo
• Bandas subteloméricas.
• Nuevos síndromes

APLICACIONES DEL ARRAY POSTNATAL

Array-CGH Específico- PRENATAL

El diagnóstico prenatal es una materia en constante cambio, con continuas aportaciones de nuevos conocimientos  y tecnologías. Los profesionales de la salud deben ser conscientes de estos cambios y de la importancia de tener acceso a información actualizada a través de los propios programas de diagnóstico prenatal o de las clínicas de genética.

La detección de alteraciones genéticas durante el embarazo es una de las funciones más importantes del diagnóstico prenatal.

Por ello, se ha diseñado una plataforma de array-CGH, que realiza un cariotipo molecular, analizando el genoma completo de cada paciente, con una resolución aproximadamente 10 veces superior a la del cariotipo.

El Array Específico-Prenatal  es una herramienta que puede emplearse para detectar, de forma simultánea, la presencia o ausencia (amplificaciones o deleciones) de alteraciones genéticas y cromosómicas responsables de más de 100 síndromes congénitos que cursan con la presencia de malformaciones y/o retraso mental en diferentes grados de afectación. Esta plataforma genómica incluye desde síndromes cromosómicos frecuentes y conocidos como el Síndrome de Down hasta otros menos frecuentes, pero de gran impacto clínico como el Síndrome de Di George (se adjunta anexo el listado completo).

El Array Específico-Prenatal  está constituido por  un array-CGH que incluye 15000 sondas de oligonucleótidos, repartidas por el genoma humano completo a razón de 1 sonda cada 300 kilobases, dando una resolución media de detección de alteraciones de 1-1.5 megabases en todo el genoma.

Además,  el Array Específico-Prenatal  está centrado en la detección de alteraciones genéticas conocidas en genética médica y relacionadas con la aparición de cuadros sindrómicos. En estas regiones críticas, la resolución se aumenta unas 50 veces respecto a la que se obtiene en el cariotipo convencional y su potencia se iguala a cualquier otra tecnología molecular (FISH, MLPA, QF-PCR).

Indicaciones:

Edad materna avanzada (≥35años).

●Ansiedad materna.
●Anomalía fetal por ultrasonido (“marcadores ecográficos”).
●Embarazo anterior con anomalías cromosómicas.
●Hijo previo con anomalías cromosómicas.
●Hijo previo polimalformado.
●Historia familiar de trastornos cromosómicos.
●Historia familiar de un trastorno ligado al cromosoma X para el que no existe un método específico de diagnóstico prenatal.
●Reordenamiento cromosómico en uno de los parentales: en balance (translocación, inversión,...) o desbalanceado (marcador cromosómico, mosaicismo, aneuploidía sexual).
●Riesgo de defecto del tubo neural.
●Gestaciones obtenidas mediante técnicas de reproducción asistida.
●Otras causas que el ginecólogo considere importantes considerando la ayuda del asesoramiento genético oportuno.

 

Ventajas:

- Por su resolución y su diseño orientado al diagnóstico genético.
- Protocolo reproducible y no depende de la obtención de metafases.
- Resultados fiables rápidamente.
- Tecnología altamente objetiva.
- Puede sustituir a la FISH prenatal, e incluso amplia la información.
- Elimina el riesgo de detectar CNV sin significado claro.
- Complementario al cariotipo convencional.
- Resultados de utilidad clínica.
Limitaciones:
- Permite detectar alteraciones en mosaico de hasta un 30% en la muestra (aproximadamente).
-  No se podrán diagnosticar aquellas alteraciones que no supongan una pérdida o una ganancia de material genómico, tales como: las mutaciones puntuales, las translocaciones o las inversiones balanceadas. Además, aquellas duplicaciones o deleciones inferiores al rango de resolución de la plataforma empleada o las alteraciones presentes en mosaico (en menos del 30% de la población celular), que podrían ser los causantes de la patología del paciente, también serán indetectables.
- No detecta poliploidías completas.

Muestra:

- Vellosidad Corial.
- Líquido amniótico.
- Sangre de cordón umbilical.

 (mismas muestras que para el cariotipo).

Resultado: 5-10 días laborables. 72 horas para casos de máxima urgencia.

NOTA INFORMATIVA: Adicionalmente, el Array Específico-Prenatal, debido a su alta resolución, puede detectar alteraciones cromosomales de ganancia o pérdida genómica presentes en un mosaico mínimo de un 30% de la muestra total, aunque no estén presentes específicamente en esta lista.

ANEXO:

Síndromes de microdeleción identificados con Array Específico-Prenatal